在新开发房地产项目中，按照比例配建廉租房等类型的保障性住房，是党中央、国务院，为了解决城市低收入家庭住房困难问题的关键之举。针对此举措，国务院及各省级政府也曾多次发文，要求财税部门发挥职能作用，做好配套建设的政策支持工作。
一个本是利国利民的举措，很遗憾在各种因素交织下，某地还是产生了纳税争议。2021年5月间，我作为税务律师，接受了某企业有关土地增值税纳税争议的法律咨询，彼时某市级税务局作为复议机关，已经维持了某市某区税务局作出的原土地增值税清算审核决定。
受托作为代理人，我为企业在行政诉讼阶段提供了法律服务，只是判决结果很遗憾，2022年5月9日，某市经济技术开发区人民法院作出一审判决，判决驳回纳税人有关撤销原征税决定以及复议决定的诉讼请求，2022年8月29日，某市中级人民法院作出二审判决，判决驳回上诉，维持原判。
尽管司法判决已生效，但由于涉案文书尚未在中国裁判文书网予以公开，为避免对税企两方当事人产生影响，本文对当事人及司法机关均作脱敏隐名处理，仅就案件争议事项以及司法判决相关意见作如实分析。
一、本案核心争议点涉及廉租房及人防地下车位
企业在土地增值税清算报告中，将无偿配廉租房并移交给当地保障性住房管理中心的行为，依据《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发（2006）187号）第三条第一款规定，视同销售确认1.07亿元其他收入，同时将该1.07亿元收入作为取得土地使用权成本进行扣除，据此计算普通住宅增值率低于20%，符合免税条件申请退还土地增值税。
企业在土地增值税清算报告中，将人防地下室、人防车位作为公共配套设施，依据《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发（2006）187号）第四条第三款规定，根据与业主签订的有偿转让协议，计算收入并扣除成本、费用，参与土地增值税清算。
某市某区税务局第二税务分局受理清算后，给出了否定的审核意见，认为企业将廉租房视同销售收入作为取得土地使用权的成本进行扣除没有法律依据，理由为《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发（2006）187号）第四条第一款有关“扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除”的规定，该视同销售收入对应的成本没有实际发生，且没有合法有效凭证。
认为人防地下室、人防车位未发生所有权转移，应按照《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发（2006）187号）第三条第二款有关“房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用”规定，不参与土地增值税清算。
税企两方对于项目土地增值税清算政策产生争议，第二税务分局作为承办机关，提请某市某区税务局进行重大执法决定法制审核，法制部门经审核后认可第二分局相关意见，某市某区税务局向企业作出并送达《税务事项通知书》，要求企业补缴巨额土地增值税。
企业以某市某区税务局作为复议被申请人，向某市税务局提请行政复议，某市税务局复议决定维持原《税务事项通知书》，企业向某市税务局所在地人民法院提起行政诉讼。
二、律师对廉租房及人防地下车位事项的梳理分析
作为代理人，梳理企业相关纳税申报资料发现，该项目在配套建设廉租房期间，与当地保障性住房管理中心签订了《配建协议》和《移交协议》，两份协议均明确约定，企业应配套建设廉住房，并将廉租房，办理初始产权登记时直接登记到保障性住房管理中心名下。与此同时，经查阅涉案相关政策文件，发现该省政府在某份政府决定中，以政府令明确房地产开发企业配建的廉租房，产权归属政府所有。
结合《民法典》第三百五十二条（原《物权法》第一百四十二条）有关“建设用地使用权人建造的建筑物、构筑物及其附属设施的所有权属于建设用地使用权人，但有相反证据证明的除外”的规定，律师认为上述文件足以证明企业针对廉租房不具有所有权，不存在发生所有权转移的基础，且截至某市某区税务局作出《税务事项通知书》之日，该项目配建的廉租房仅被错误登记到了企业名下（未按照两份协议约定，直接初始登记到保障性住房管理中心名下），未办理所有权向保障性住房管理中心转移的变更手续。
针对人防地下车位问题，律师发现针对该项目的清算，某市某区税务局第二税务分局曾作出并向企业送达《税务事项通知书》（事由：土地增值税清算结论），该《税务事项通知书》后被第二税务分局以程序有误为由主动撤销，在该份已撤销的《税务事项通知书》中，第二税务分局针对人防地车位允许参与清算，不确认收入，允许成本费用扣除。
律师认为在相关事实未发生变化的情况，税务机关以程序为由撤销原执法决定后，在无任何政策变化的情况下对企业土地增值税进行加重处理，本身就属于行政法所禁止的行为。
基于上述分析，在一审中，补充提交了省政府相关文件、《配建协议》《移交协议》，廉租房产权登记证等证据依据，拟证明企业不是廉租房的所有权人，不存在发生所有权转移的法律基础，且未发生所有权转移行为，并补充提交了《规划用地条件》、《建设规模明细表》等证据，拟证明人防地下车位属于《土地使用权出让合同》约定的公共配套设施，以及国家税务总局财产和行为税司编辑的《财产行为税工作周报》（2020年第32期），用以证明国家税务总局在行政解释性文件中，认可无产权车位属于公共配套，应参与清算。
此外，还针对重大执法决定法制审核程序，变更执法主体提交了相关意见资料。（尽管代理人一审中均强调为廉租房，但司法文书均以保障性住房代替）
三、人民法院对保障性住房及人防地下车位事项的司法认定
一审法院认为：第二税务分局为派出机构，派出机构行使职权的活动对外也代表派出该机构的行政机关的活动，第二税务分局撤销原行政行为后，某市某区税务局对原告作出税收征收行为不存在重复行使职权，不影响行政行为对行政相对人产生的法律效力，也不损害相对人合法权益。
保障性住房是按照房地产企业与政府相关部门签订的《国有建设用地使用权出让合同》、《保障性住房配建协议》等约定进行建设和移交的，应属于房地产企业开发的产品。配建保障性住房是房地产企业在获得土地使用权的一种条件，属于以其他配置方式取得土地价款支付的一部分，房地产企业无偿向政府移交的保障房不是公益性捐赠，而是换取了政府出让土地时降低部分土地价款的经济利益，实际上属于政府出让土地的一部分收益，移交保障性住房是换取了部分土地出让价款，不同的是从货币转为了非货币支付。再有土地使用权及地上建筑物权属是一体不可分的，按照房随地走的原则，初始登记必然会登记到房地产企业名下，然后再转移到政府相关职能部门名下，所有权必然发生转移，故应视同销售房地产。
原告称保障性住房不属于其开发产品，原告不具有所有权、不能转让、不发生所有权转移、具有非营利性，均无法无据。
关于人防地下室、人防车位产权属于国家，企业仅有代管职责，享有代管收益，但无论是企业自用还是用作出租，均不发生所有权转移，在土地增值税清算时，不应纳入清算收入中，对应的成本费用也不应在税前扣除。
综上，原告主让某市某区税务局违反法定程序变更法定主体、保障性住房不应视同销售确认为收入、人防地下室地下车位应列入土地增值税清算范围等观点，本院均不予采纳。驳回诉讼请求。
二审法院另查明，某市税务局财产行为税科就案涉“配建并移交保障性住房视同销售房地产权纳入土地增值税清算”和“人防地下车位地下室不纳入土地增值税清算”等事项的处理意见是否合法，于一审期间向某省局财产行为税处进行请示，某省局财产和行为税处答复意见为符合相关法律规定。
二审法院认为，某市某区税务局第二税务分局是某区税务局的派出机构，派出机构行使职权的活动对外代表派出该机构的行政机关的活动，故某市某区税务局不存在超越职权的行为。
目前尚无明确法律、法规规定保障性住房不应计入销售收入，或者属于免征土地增值税的情形，上诉人称保障性住房不属于其开发产品，不具有所有权，不能转让、不发生所有权转移、具有非营利性于法无据，不予采信。
关于人防地下室、人防车位产权属于国家，企业仅有代管职责，享有代管收益，但无论是企业自用还是用作出租，均不发生所有权转移，在土地增值税清算时，不应纳入清算收入中，对应的成本费用也不应在税前扣除。
综上所述，原判认定事实清楚、适用法律政策，上诉人的上诉没有法律和事实依据。驳回上诉，维持原判。
四、生效终审判决对域内土地增值税清算的潜在影响
本案中，针对保障性住房以及人防地下车位两事项土地增值税清算政策的争议，人民法院支持了税务机关针对保障性住房视同销售且不允许该收入作为成本扣除的意见，支持了税务机关针对人防地下车位不参与土地增值税清算的意见。
经广泛查询检索，这份生效判决是全国范围内第一件有关保障性住房和人防地下车位土地增值税清算政策的司法判决，其本身具有深远意义。
行政机关尊重司法机关的生效判决，是法治社会的应有之义，何况这又是一份支持税务机关的胜诉判决。
据悉，本案司法机关的裁判意见，目前对该市范围内的房地产开发企业土地增值税清算产生了影响，后续随着再审程序的推进，如果该省高院驳回当事人的再审请求，势必将政策影响范围将扩大某省全域，如果再对历史清算结论产生溯及力，那造成的社会影响就更无法预判了。
国税发（2006）187号文，作为规范性文件，自2007年2月1日开始执行，距今已经十五年有余。十五年间，我们有了《物权法》，又有了《民法典》，只是这无偿配建的保障性住房，是不是开发产品？我们在争议，到底谁才是它的所有权人？我们在争议，直接初始登记到职能部门名下是否属于视同销售？我们还在争议，视同销售后能否将该收入作为取得土地的成本？我们依然在争议。
我相信，这不会是最后一个争议案件。